Il permet aux DJs de mixer leur bibliothèque de morceaux et sons MP3 à partir de CD-R/RW, de clés USB, de disques durs externes et des dispositifs multimédias portables (PC, téléphone portable, …) grâce à un premier port USB situé en façade de l’appareil.
Entre autres, le CDJ-400 présente deux innovations mondiales : le « Scratch Jog Effect » et la fonction « Beat Loop Divide ».
Egalement l’ensemble des boutons et faders du CDJ-400 peuvent transmettre un signal MIDI grâce à un second port USB dédié en face arrière du lecteur ; il est donc possible de piloter des logiciels de deejaying ou autres applications, tels que les logiciel DJS de Pioneer ou Serato Scratch LIVE sur un PC ou un MAC.